В развитии конфликта, как правило, можно выделить три основных фазы: завязку, кульминацию и развязку. Главная идея комедии отражается как в отношении Простаковых и Скотинина к своим слугам и крестьянам, так и в линии, связанной с племянницей Простаковой Софьей. Если по отношению к крестьянам и слугам в комедии осуждается буквальное рабство, то Софью Простакова пытается поработить «идейно», хочет видеть в ней такое же послушное и бесхарактерное существо, каким уже стал её муж.
Завязка комедии происходите первом действии. Мы узнаём, что дядя Софьи Стародум, которого считали умершим, жив и скоро приедет, чтобы забрать племянницу. Простакова относится к умному и честному Стародуму неприязненно. Его приезд нарушает её планы по поводу женитьбы Софьи, поэтому она резко заявляет девушке: «...дядюшка твой, конечно, не воскресал». Однако, узнав о том, что Стародум завещал племяннице большую сумму денег, она тут же решает выдать за Софью своего сына. Противостояние между положительными и отрицательными героями комедии будет выражаться, главным образом, в том, что отрицательные хитростью и лицемерием (как Простакова и Митрофан) или напрямую простодушно (как Скотинин) будут пытаться заполучить Софью, а положительные будут охранять право девушки на любовь и свободный выбор.
Следует отметить, что по ходу комедии начинается разлад между отрицательными персонажами. Скотинин спорит с Простаковой, кому должна достаться Софья — ему или Митрофану, при этом дело доходит до потасовки. Желания же положительных персонажей удивительным образом совпадают. Офицер Милон, возлюбленный Софьи, потерявший её после того, как родственники увезли её в поместье, неожиданно находит её в доме Простаковых. Милон оказывается другом честного чиновника Правдина, который рекомендует его Стародуму, дяде Софьи. С другой стороны, о похвальных качествах Милона Стародум узнаёт ещё в Петербурге и видит в нём достойного жениха своей племяннице (не зная ещё, что он и есть Софьин избранник).
Противостояние отрицательных и положительных персонажей ярко проявляется в сцене разговора Скотинина и Стародума и следующей за нею сцене «экзамена» Митрофанушки. В этих сценах автор иронизирует над удивительным невежеством Простаковых и Скотинина, их нежеланием учиться, враждебным отношением к любым знаниям.
Кульминация конфликта состоит в попытке Митрофана силой увезти Софью. Развязка идёт следом. Хотя Стародум и прощает раскаявшуюся в своём поступке Простакову, помещицу ждёт официальное наказание за самоуправство и притеснение крестьян. Уже в первом действии мы узнаём, что Правдин уже уведомил своё начальство о самодурстве и «адском» нраве Простаковой и ждёт распоряжений, чтобы «принять меры» по прекращению злодеяний помещицы. В пятом действии он, наконец, получает разрешение отдать имение в опеку, то есть лишить Простакову всех прав по управлению им. А, лишившись власти, Простакова лишается и притворной любви сына, что становится для неё самым страшным наказанием.
